Förutom att biogasen ersätter fossila bränslen ger också den producerade biogödseln minskade växthusgasutsläpp. När rötresten används som biogödsel och ersätter mineralgödsel binds mer kol in i marken och dessutom undviks utsläpp från den energikrävande mineralgödselproduktionen.
När gödsel används för att producera biogas istället för att spridas direkt på åkrarna minskar utsläppen av metan och lustgas som annars avges då orötad gödsel lagras och sprids på åkrarna. Det ger kraftigt minskad klimatpåverkan och samtidigt produceras biogas som kan ersätta fossila bränslen. Att producera biogas av gödsel ger en alltså en dubbel klimatvinst.